Руководящими органами первичной профсоюзной организации школы являются: собрание, профсоюзный комитет, председатель первичной профсоюзной организации школы.
Высшим руководящим органом Профсоюза школы является СОБРАНИЕ, которое созывается по мере необходимости, но не реже 2-х раз в год (Пункты 4.1., 4.3.).
Профсоюзный комитет школы - выборный орган управления, который выбирается один раз в 2-3 года (Пункт 3.7. Положения первичной профсоюзной организации). В состав школьного профсоюзного комитета МБОУ СОШ №3 входят 9 человек, которые были утверждены профсоюзным собранием.